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Metais traço que apresentem toxicidade aos vertebrados são alvo de preocupação por parte dos programas de monitoramento ambiental em função do impacto causado por ação da atividade antrópica. A distribuição destes elementos se diferencia nas matrizes: água, sedimento e biota. Metais como Pb, Cd, Hg, As e Cr são relacionados a importantes danos ambientais, podendo contaminar o homem principalmente por consumo de pescado. Alguns biomarcadores podem ser aplicados na abordagem de impacto e avaliação de riscos para populações de espécies suscetíveis à exposição e efeito dos metais traço tóxicos. A acetilcolinesterase, a metalotioneína, o ácido delta aminolevulínico desidratase e o ensaio de micronúcleo podem ser utilizados em conjunto como biomarcadores quando organismos aquáticos são expostos ou afetados por metais tóxicos. A resolução 357/2005 do CONAMA no Ministério do Meio Ambiente e a Portaria 2914/2011 do Ministério da Saúde estabelecem limites máximos desses metais tóxicos em água superficial e água de consumo humano respectivamente. Entretanto, ainda não se exige a determinação das espécies químicas, relevante à biodisponibilidade produzida nas diferentes matrizes, nem sobre os efeitos subletais, avaliados pelos biomarcadores, destes metais nos organismos aquáticos. A proposta desta revisão é apresentar os biomarcadores (bioquímicos e genéticos) como ferramentas auxiliares na avaliação da qualidade de pescado.