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b> Introducción La sepsis neonatal temprana se define como la respuesta sistémica a una infección en los recién nacidos desde el nacimiento hasta las 72 horas de vida. En México se ha reportado una incidencia de 15-30/1000 RN y una letalidad de 25-30%. La reacción en cadena de la polimerasa con amplificación de fragmentos de amplio polimorfismo cuenta con una sensibilidad de 100% y especificidad de 95.6% como método diagnóstico para sepsis con tan solo una gota de sangre versus el Hemocultivo (estándar de oro) el cual tiene una sensibilidad de 30-40% cuando se realiza con 1 ml. de sangre. El uso de la reacción en cadena de la polimerasa podría representar una disminución en costos hospitalarios, detección de co-infecciones virales y requerir menor cantidad de muestra sanguínea para realizarse. Por esto, se realizó el presente estudio con el objetivo de evaluar la eficacia de la PCR-RFLP contra el hemocultivo para diagnóstico de Sepsis Neonatal Temprana en recién nacidos.