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Objetivo. Evaluar la calidad microbiológica en programas de alimentación escolar en instituciones educativas en el Departamento de Boyacá - Colombia en el lapso 2013- 2015. Métodos. Estudio descriptivo de superficies vivas e inertes en comedores de las Instituciones Educativas del Departamento de Boyacá, en 100 municipios en el año 2013, 115 en el año 2014 y 123 en el año 2015. Los parámetros evaluados fueron: microorganismos Mesófilos aerobios, Coliformes Totales, Coliformes fecales, Staphylococcus aureus (Estafilococco Coagulasa Positiva). Resultados. Se tomaron 200 muestras en el año 2013, aislándose 104 positivas en superficies vivas y 149 en superficies inertes; encontrándose Coliformes Totales en 59,6% en superficies vivas y 44,3% en superficies inertes. 230 muestras en el año 2014, 158 positivas para superficies vivas y 148 para inertes, con predomino de Coliformes Totales en superficies vivas (48,1%) y Mesófilos en superficies inertes (49,3%) y 526 muestras en el año 2015, 256 positivas para superficies vivas y 406 para inertes encontrándose en superficies vivas Coliformes Totales con 47,6%, Staphylococo coagulasa positiva con 3,1%y Mesófilos en superficies inertes 45,3%. Conclusiones. La Vigilancia que realiza la Secretaria de Salud de Boyacá en las instituciones educativas muestra que los resultados obtenidos en los aislamientos de las superficies inertes y vivas exceden los valores mínimos permitidos, hallazgos que evidencian el incumplimiento de las buenas prácticas de manufactura, de los hábitos de los manipuladores y de las condiciones sanitarias de los comedores escolares.