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O objetivo deste estudo foi avaliar a quantidade e a atividade metabólica de bactérias persistentes utilizando métodos moleculares baseados em rDNA e rRNA. Amostras microbiológicas dos canais radiculares de 15 dentes com periodontite apical foram coletadas após a cirurgia de acesso (S1), após o preparo químico-cirúrgico realizado com Sistema Reciproc e NaOCl 2, 5%(S2) e após medicação intracanal com Ca (OH) 2 por 14 dias (S3). As amostras foram submetidas à extração de DNA e RNA. O RNA foi submetido à reação de RT-PCR. DNA e cDNA foram submetidos a reações de qPCR, com primers universais para a região 16S rRNA do domínio Bacteria e específcos para Bacteroidaceae sp. HOT-272. Os dados foram analisados pelos testes de Wilcoxon e McNemar (P< 0, 05). As amostras S1 foram positivas para bactérias totais (mediana 1, 87 x 105). Em S2, houve uma redução signifcativa de rDNA …