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As principais hipóteses para explicar o surgimento da imensa diversidade biológica amazônica sugerem que a evolução geológica e climática do continente Sul-americano resultaram na fragmentação da distribuição das espécies, consequentemente gerando linhagens evolutivas independentes. Entretanto, a constatação que mesmo espécies com distribuições semelhantes podem apresentar padrões distintos de diversidade genética e histórias biogeográficas levaram à sugestão de que características intrínsecas das aves como capacidade de dispersão e o tempo que a linhagem se encontram na região explicariam o surgimento de novas linhagens sem estar relacionado à mudanças na paisagem. Uma hipótese alternativa sugere que as espécies são intimamente relacionadas ao ambiente específico que elas ocupam e que suas histórias evolutivas, distribuições e diversidade refletem a história destes ambientes em uma paisagem dinâmica. Assim, nesta tese eu explorei as diferenças nas afinidades ambientais de múltiplas espécies de aves com diferentes distribuições mas amplamente distribuídas na bacia amazônica e testei como os padrões de distribuição, diversidade genética e história biogeográfica estão associados às afinidades ambientais das espécies. No primeiro capítulo, estudei o complexo Dendrocincla fuliginosa (Aves:Dendrocalptidae), com linhagens ocupando florestas do México até a Argentina, incluindo ambientes de Terra Firme na Amazônia. Através de análises filogenéticas mostramos que a espécie é parafiléticas em relação à D. turdina e D. anabatina e discutimos a taxonomia do grupo. Além disso, datamos …