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La Microbiología es considerada como una de las principales ciencias aplicadas que contribuye al desarrollo económico de los paises, debido a sus multiples aplicaciones en diferentes campos como: la agricultura, la medicina, el medio ambiente, la industria, entre otros. La ontología esta relacionado en como los sentidos perciben la realidad del micromundo, para que el microbiologo pueda brindar un acercamiento comprensivo al microorganismo, con el propósito de identificar sus formas y poder estructurar el conocimiento por medio de teorias, métodos y técnicas, que contribuyen de forma sinergica a describir en detalle el microorganismo. Las descripciónes de los hechos requiere que el microbiologo contraste sus observaciones con el conocimiento existente como una forma de validación entre lo supuesto y lo real, a esta acción se le denomina análisis epistemológico del saber científico del paradigma dominante. Los instrumentos de analisis utilizados desde el inicio de la Microbiología son elementos de extensión de los sentidos, por consiguiente es consciente de que requiere un refinamiento continuo de aquellos elementos que responden de manera positiva para su analisis cientifico como lo es el metodo, las técnicas e instrumentos. El objetivo es brindar una reflexión sobre el proceso de investigación en la Microbiología, para determinar la integridad y validez del conocimiento desde lo epistemológico; de igual manera, se pretende, desde una perspectiva filosófica, comprobar la pertinencia de sus métodos de investigación, para asi proponer el diseño de la investigación (perspectiva filosófica) con relación a los métodos que …