| Jendela Logika dalam Berfikir; Deduksi dan Induksi sebagai Dasar Penalaran Ilmiah I Mustofa EL-BANAT: Jurnal Pemikiran dan Pendidikan Islam 6 (2), 1-21, 2016 | 111 | 2016 |
| Pendidikan Islam Sebagai Institusi Politik Demokrasi Tertinggi di Indonesia I Mustofa Halaqa: Islamic Education Journal 1 (1), 27-42, 2017 | 39* | 2017 |
| Turki Antara Sekularisme dan Aroma Islam; Studi atas Pemikiran Niyazi Berkes I Mustofa EL-BANAT: Jurnal Pemikiran dan Pendidikan Islam 6 (1), http://ejournal …, 2016 | 20 | 2016 |
| Kritik Metode Kontekstualisasi Penafsiran al-Qur’ân Abdullah Saeed I Mustofa ISLAMICA: Jurnal Studi Keislaman 10 (2), http://islamica.uinsby.ac.id/index …, 2016 | 19 | 2016 |
| Gagasan Islamisasi Ilmu (Studi tentang Kerangka Metodologi Institute for the Study of Islamic Thought and Civilization (INSISTS)) I Mustofa UIN Sunan Ampel Surabaya, 2019 | 17 | 2019 |
| Nalar Filosofis Sustainable Development Goals (SDGs) dalam Tata Kelola Filantropi Islam Berbasis Masjid di Surabaya I Mustofa Maliyah: Jurnal Hukum Bisnis Islam 11 (1), 129-156, 2021 | 13 | 2021 |
| Konsep Kebenaran Ibnu Sina I Mustofa KALIMAH 15 (1), http://ejournal.unida.gontor.ac.id/index, 2017 | 10 | 2017 |
| Bimbingan Konseling dalam Peningkatan Kualitas Belajar Mahasiswa Perguruan Tinggi Islam Negeri I Mustofa, MK Mollah Indonesian Journal of Islamic Education Studies (IJIES) 2 (2), https …, 2019 | 9 | 2019 |
| Fisika Atom sebagai Basis Filosofis Ilmu dalam Perspektif al-Ghazali I Mustofa Epistemé: Jurnal Pengembangan Ilmu Keislaman 12 (1), http://ejournal.iain …, 2017 | 8 | 2017 |
| Problematika Pembaharuan Pemikiran Islam Kontemporer di Indonesia I Mustofa EL-BANAT: Jurnal Pemikiran dan Pendidikan Islam 7 (1), http://ejournal …, 2017 | 8 | 2017 |
| Sejarah Hidup Para Penyambung Lidah Nabi I Mustofa LAKSANA, 2017 | 7 | 2017 |
| Saeculum-Mundus Politik Indonesia: Satu Kajian Filosofis dalam Perspektif Nurcholish Madjid I Mustofa Hayula: Indonesian Journal of Multidisciplinary Islamic Studies 5 (2), 221-242, 2021 | 6 | 2021 |
| Implementasi Mu’āmalah Māliyah Mazhab Yayasan Nurul Hayat I Mustofa AT-TAHDZIB: JURNAL STUDI ISLAM DAN MUAMALAH 8 (1), 144-174, 2020 | 5 | 2020 |
| Islamisasi Ilmu Ekonomi: Tambal Sulam Wacana Ilmiah I Mustofa Kontemplasi: Jurnal Ilmu-Ilmu Ushuluddin 5 (1), 136-164, 2017 | 5 | 2017 |
| Jendela Logika dalam Berfikir; Deduksi dan Induksi sebagai Dasar Penalaran Ilmiah. EL-BANAT: Jurnal Pemikiran Dan Pendidikan Islam, 6 (2), 1–21 I Mustofa | 5 | 2016 |
| Ulama’dan Kontestasi Pengetahuan dalam Sudut Pandang al Qur’ān’ I Mustofa Jurnal Pendidikan Agama Islam (Journal of Islamic Education Studies) 5 (1 …, 2017 | 4 | 2017 |
| Analisis Hukum Islam terhadap Perkawinan Sirri di Ketegan, Sepanjang, Sidoarjo M Khoiroh, I Mustofa, M Rosyidah AL-HUKAMA: The Indonesian Journal of Islamic Family Law 12 (1), 61-93, 2022 | 3 | 2022 |
| Kritik Fakhruddin al-Razi terhadap Emanasi Ibnu Sina I Mustofa KALIMAH 13 (2), 311-338, 2015 | 3 | 2015 |
| Scientia Sacra in Sufism as Weltanshauung Contemporary Muslim Spirituality I Mustofa Al-A'raf: Jurnal Pemikiran Islam dan Filsafat 18 (1), 69-90, 2021 | 2 | 2021 |
| Barisan Pemuda Pembela Nabi Saw I Mustofa LAKSANA, 2021 | 2 | 2021 |
