À Anonkoua-kouté, les fréquences des génotypes de Plasmodium falciparum conférant la résistance à la SP et à la CQ ont atteint des niveaux comparables entre isolats d’écoliers asymptomatiques et ceux issus d’enfants symptomatiques en 2008. Les seules différences significatives ont concerné les génotypes AAKAA (35,7 % parmi les enfants asymptomatiques) et SGKAA (32,3 % au sein des participants symptomatiques). A Bonoua et Samo, des niveaux comparables de fréquences ont été aussi déterminés entre individus symptomatiques malgré la différence des faciès épidémiologiques. La diversité allélique a été plus grande dans la localité rurale de Samo avec plusieurs génotypes dont les doubles mutant FAKAS (3,3 %), YAKAS (3,3 %), ou le triple mutant AGKAS (3,3 %). Les isolats issus de Bonoua ont une diversité allélique très réduite avec 4 génotypes du gène pfdhfr, trois génotypes pour le gène pfdhps dont le mixte SL-GKAA (58,5 %), et le génotype CVIET (100 %) pour le gène pfcrt. Les fréquences des mutants IRNI, SGKAA et CVIET ont été plus élevées à Anonkoua-kouté et à Ayamé, tandis que le génotype sensible CVMNK a été prédominant à Dabakala. Au cours de la période 2002 à 2008, les prévalences ont augmenté à Anonkoua-kouté (Test de Cochrane-Armitage ; z > 0) pour les allèles Asn-108 (p = 0,023) et Gly-437 (p = 0,028).Des tendances contraires ont été mises en évidence (Test de Cochrane-Armitage ; z < 0) pour les allèles sensibles Ser-108 (p = 0,017) et Ala-437 (p = 0,043). De même, une baisse significative (Test de Cochrane- Armitage ; z < 0) de la prévalence du génotype NCSI (p < 0,0001) a été aussi mise en évidence. Une augmentation significative (Test de Cochrane-Armitage ; z > 0) des prévalences du génotype AGKAA (p = 0,036 ; z > 0) a été déterminée en même temps que la baisse significative du génotype sensible SAKAA (p = 0,027 ; z < 0). Enfin, le nombre minimum de parasites détectés par infection est passé de 3 à 2 clones entre 2002 et 2008 à Anonkoua-kouté.