Existe un crecimiento significativo en la adopción del programa de certificación de comercio justo y de la comercialización de productos de café bajo dicho sello, que en un principio pretendía crear oportunidades y llevar al «empoderamiento» de los pequeños productores y también a los consumidores de café, a través de la difusión de la información relacionada con estos productos. Sin embargo, algunas veces el aumento de su adopción y su volumen de ventas en el comercio minorista, especialmente en los países desarrollados, no genera los beneficios esperados en el precio pagado por el producto. De esta manera, a través de la investigación cualitativa y descriptiva, se realizó una revisión exhaustiva de la literatura especializada, con el objetivo de entender las principales características de este programa y las principales limitaciones y amenazas que se presentan con esta práctica en la cadena de café. Se observó que, entre las principales amenazas para las certificaciones (especialmente el comercio justo), está el proceso de integración; es decir, la adopción y uso por las grandes corporaciones, lo que podría debilitar sus estándares a fin de mantener sus prácticas de fijación de precios y comercialización. Para entender estas amenazas y analizar de forma crítica la aprobación de la certificación de Comercio Justo, los agricultores, las cooperativas y las asociaciones deben adoptar una serie de estrategias clave. Está claro que los organismos de certificación–en general–deben actuar con el fin de equilibrar o neutralizar las desventajas que pueden ser causados por el movimiento de integración en la cadena del café, mediante la comunicación de los procedimientos de certificación a los productores de manera más clara y directa.