Pesquisadores da área da saúde referem que a dificuldade em publicar é uma barreira à realização de estudos qualitativos. Buscou-se identificar que periódicos brasileiros indexados no SciELO na área de ciências da saúde incluem instruções aos autores que possibilitam a publicação de estudos originais realizados com métodos qualitativos. Dos 88 títulos analisados, mais da metade (52) impõem condições incompatíveis com a pesquisa qualitativa, sendo a maioria revistas médicas. Alguns periódicos (19) não disponibilizam informações relativas ao tipo de estudo, mas não fazem exigências típicas de pesquisas quantitativas, como testes estatísticos e reprodutibilidade. Revistas que demonstram aceitar investigações qualitativas (17) permitem textos mais longos, desenhos de estudo que incluem entrevistas e algumas explicitam a aceitação de estudos com abordagens qualitativas. Em geral estas são da área de saúde coletiva ou enfermagem, e têm pontuações mais altas na CAPES. A falta de instruções claras para manuscritos de natureza qualitativa e a exigência de quantificação são barreiras à publicação de estudos qualitativos, não favorecendo a ampliação do olhar do clínico para os fenômenos humanos relacionados à saúde. Critérios de cientificidade e rigor devem ser revistos.