Tujuan penelitian adalah mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri lipolitik secara molekuler yang berasal dari sedimen mangrove Teluk Kendari Sulawesi Tenggara. Bakteri lipolitik dari sedimen mangrove diinokulasi dengan menggunakan media NA rhodamin B yang mengandung emulsi minyak zaitun dan NaCl 2% dan ditumbuhkan pada suhu ruang selama 24-48 jam. Ekstraksi DNA genom isolat lipolitik dilakukan dengan menggunakan metode saline tris-edta (STE). Gen 16S rRNA diamplifikasi melalui teknik PCR dengan melibatkan primer 63F dan 1387R. Kondisi PCR terdiri dari pra-denaturasi (94ºC selama 5 menit), denaturasi (95ºC selama 30 detik), penempelan primer (55ºC selama 30 detik), pemanjangan rantai (72ºC selama 1 menit), dan post-extension (72ºC selama 7 menit) yang dilakukan sebanyak 35 siklus. Analisis bioinformatika dari sekuen gen 16S rRNA isolat lipolitik terdiri dari analisis similaritas, matriks jarak genetik dan rekonstruksi pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat dua isolat lipolitik, yaitu LMA1 dan LMB3 yang diisolasi dari sedimen mangrove Teluk Kendari. Gen 16S rRNA LMA1 dan LMB3 yang berhasil diurutkan dengan aplikasi bioedit masingmasing sebesar 1292 pb dan 1283 pb. Hasil analisis BLAST menunjukkan bahwa isolat LMA1 memiliki nilai similaritas 99.69% dan jarak genetik 0.0023 dengan Vibrio fluvialis, sedangkan LMB3 memiliki nilai p-ISSN: 2355-6404│ e-ISSN: 2685-6360