As cavernas podem possuir sistemas hídricos dinâmicos que abrigam uma rica comunidade aquática de macroinvertebrados e uma microbiota, sendo a última encontrada geralmente como biofilmes compostos, configurando-se como uma importante fonte de energia para a comunidade aquática. O levantamento espeleobiológico do ambiente permite uma melhor caracterização desse ecossistema, bem como uma melhor compreensão de possíveis interações ecológicas. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a densidade microbiana dos biofilmes e elaborar um inventário da comunidade aquática de três cavernas situadas na área cárstica de Presidente Olegário, Minas Gerais. Para tal foram coletadas amostras de água das cavernas em locais com presença e ausência de biofilme, além de coletas de macroinvertebrados por meio de busca ativa manual e aparatos Surber, no substrato e no ambiente do entorno. As amostras de água foram diluídas em série e inoculadas em meios específicos, sendo o meio ágar nutritivo (bactérias totais) e meio Martin (fungos totais). A contagem de bactérias demonstrou uma alta densidade, entre 1.102 a 3, 4.103 UFC/mL, apresentando os maiores valores para as amostras contendo o biofilme. O mesmo padrão foi observado para a contagem de fungos, que variou entre 1.102 a 3, 4.103 UFC/mL. Foram encontradas nove morfoespécies de macroinvertebrados (seis de Insecta, uma de Gastropoda, uma de Malacostraca e uma de Tricladida). A alta densidade microbiana associada à ocorrência de macroinvertebrados indicam que essa comunidade aquática utiliza o biofilme como fonte de alimento e, possivelmente, como abrigo e berçário.