Zatímco v minulosti se v molekulární biologii živých organismů přikládal nejvyšší význam genomickým studiím a analýzám profilování mRNA pomocí DNA čipů, dnes získává na stále větším významu analýza proteomu. Proteomická analýza je schopna reflektovat změny v okamžité odpovědi organismu na stimulus, které nemusí být vůbec závislé na regulaci genové exprese. Příkladem mohou být post-translační regulace enzymů, které hrají klíčovou roli v mnoha aktivačních drahách buňky, ale i celých organismů. Velkou nevýhodou ale zůstává omezené množství proteinů, které jsme schopni sledovat. Například u modelové rostliny Arabidopsis thaliana, jejíž genom obsahuje přibližně 26 000 genů, bylo doposud v proteomických pracích nalezeno a identifikováno pouze kolem 5000 proteinů, což je méně jak 10% předpokládaných možných proteinů v tomto organismu1. Pomocí běžné proteomické analýzy není však dosažení ani tohoto číslo příliš reálné. Běžná dvojrozměrná gelová elektroforéza (2D GE) je schopná sledovat přibližně 1200 proteinů, které je možné identifikovat hmotnostní spektrometrií. Proto je velmi důležité při plánování 2D GE experimentů zvolit takové podmínky, které poskytnou co nejlepší rozdělení proteinů, ale nebudou na úkor jejich detekovatelnosti. Jednou možností je prepufrifikace či obohacování vzorku. To však nebývá bezztrátové a v mnoha případech může časová náročnost vést ik ztrátě méně stabilních post-translačních modifikací, či rozpadu některých proteinů. Druhá cesta je modifikace parametrů samotné 2D GE. Volba rozsahu pI a hustota gelu v druhém rozměru dramaticky ovlivní kvalitu výsledného 2D GE obrazu proteomu2. Kvalitu získaného 2D GE rozdělení je možné posuzovat subjektivně, ale pro objektivní porovnání je třeba nalézt vhodné parametry, které je možné statisticky sledovat. Cílem naší práce bylo nalezení těchto parametrů a zhodnocení nejvhodnějších podmínek pro 2D GE analýzu celkového proteomu tabáku.