Em programas de melhoramento animal em que ocorrem acasalamentos endogâmicos, o aumento da homozigose nas progênies pode gerar consequências negativas como a depressão por endogamia e a perda de variabilidade genética na população, fazendo-se necessário o monitoramento e controle dos níveis de endogamia. O coeficiente de endogamia genômico pode ser obtido através da soma de segmentos homozigotos presentes no genoma animal, denominados corridas de homozigose (ROH), e apresenta maior precisão do que o método tradicional, que faz o uso de informações de parentesco. Tratando-se de uma metodologia recente, o uso de diferentes densidades de painéis de genotipagem devem ser avaliados. Este trabalho objetivou a comparação de painéis com diferentes densidades de marcadores em três metodologias de identificação de ROH. Foram utilizados dados genotípicos de 60 bovinos da raça Holandesa, em painéis de alta (732.993 marcadores) e baixa (47.516 marcadores) densidades. Três métodos para a identificação ROH foram empregados: 1) Sliding Windows via PLINK (PLINK), 2) Sliding Windows (SW) e 3) Consecutive Runs (CR), ambos via pacote R, Detect Runs. O número e tamanho de ROH obtidos foram diferentes conforme a densidade dos painéis utilizados, bem como a estimativa de coeficientes endogâmicos. Os métodos analisados apresentaram grande semelhança quando comparados dentro de um mesmo painel de genotipagem, com maiores diferenças reportadas pelo método CR no painel HD. Este trabalho demonstrou como diferentes densidades de painel podem culminar em resultados divergentes na identificação de ROH e na estimativa de coeficientes de endogamia genômica. A realização de estudos adicionais com dados simulados podem contribuir na identificação de uma densidade ideal para tais fins.