Meme karsinomu kendine özgü klinik, histopatolojik ve moleküler özelliklere sahip bir grup hastalığı içerir. Geleneksel sınıflama, tümörleri değişik prognoz ve davranışta bulunan ayrı kategorilere bölmek için morfolojiyi kullanır. Ancak geleneksel sınıflamanın sınırlı kaldığı alanlar vardır ve dolayısıyla yeni moleküler methodların, sınıflama sistemlerini iyileştireceği umudu oluşmuştur. Son 11 yılda, meme karsinomunun moleküler subtipleri karakterize edilmiş ve yoğun olarak çalışılmıştır. Bilgilerin büyük kısmı, son yıllarda öğrenilmiş olup, moleküler taksonomi hala gelişmekte ve önümüzdeki yıllarda değişim geçirecek gibi görünmektedir. Asıl soru, gen ekspresyon profili gibi yeni moleküler tekniklerin, meme kanseri subtiplerini belirlemede altın standart kabul edilip edilmeyeceği ve moleküler sınıflamanın, meme kanserinin özel subtiplerinde, duktal karsinomda (özel tipi bulunmayan) olduğu gibi yararlı olup olmadığıdır. Ayrıca, literatür eleştirel bir şekilde gözden geçirildiğinde, güncel moleküler teknikler ve sınıflamalar konusunda; kötü tanımlamalar, tekrarlanabilirliğin yokluğu ve kalite kontrolünün olmaması gibi majör problemlerin çok açık bir şekilde bulunduğu görülmektedir. Dolayısıyla, güncel moleküler yaklaşımlar, immatür olduklarından ve hatta yanlış değerlendirmelere neden olabileceklerinden, rutin klinik pratikte ve tedavi düzenlenmesinde henüz kullanılmamaktadır.