Kabupaten Tuban yang terletak di pesisir utara Jawa Timur memiliki panjang wilayah pantai±65 km. Permasalahan yang banyak ditemui di wilayah pesisir adalah terjadinya pencemaran yang mengakibatkan menurunnya daya dukung lingkungan bagi sumberdaya hayati yang berada di dalamnya. Sifat plankton yang peka terhadap perubahan lingkungan membuat plankton dapat digunakan sebagai penanda kualitas lingkungan yang baik. Pengamatan terhadap struktur komunitas plankton dan keberadaan jenis-jenis plankton dilakukan di 11 lokasi di pesisir Tuban. Hasil identifikasi terdapat 27 genus fitoplankton dan 12 genus zooplankton dengan kelimpahan fitoplankton berkisar antara 206–2038 ind/L dan zooplankton berkisar antara 93–612 ind/L. Indeks keanekaragaman secara keseluruhan menunjukkan struktur komunitas yang cukup hingga lebih stabil dengan kategori kondisi lingkungan buruk sampai baik (0, 93–2, 30). Indeks kemerataan cenderung berkisar 0, 47–0, 99 yang mengindikasikan sebaran jumlah individu tiap spesies cenderung merata. Indeks dominansi plankton berkisar 0, 15–0, 36 yang menunjukkan cenderung tidak adanya spesies yang mendominasi. Terdapat dominansi dua spesies yaitu Gyrosigma sp. di lokasi Jenu1 dan Pleurosigma sp. di lokasi Jenu2.