Pesantren as education institute can plant knowledge of Indonesia humanbeing, exhaustively. Science tradition of pesantren with a number of its peripheral, giving nuance differ from tradition outside pesantren. strong Science tradition inpesantren give stock [at] santri later after expressed to pass (mampu) master bukuTurn yellow (Classicly), later; then get diploma from a kiai. tradition of Akademiksantri in pesantren, representing one form process complete study, which canpresent one grad buttonhole of pesantren eclectic have, matured personality [to], and high capable in engineer social. Instruction of bukus turn yellow the by kiaisantri [done/conducted] in form of sorogan, or bandungan of weton, deliberationclass and halaqah. While education system in PP Annuqayah that is system ofshalaf (tradisional) of khalaf (Modern, klasikal). this Shalaf System inmaisonette/bording of pesantren [in] Annuqayah used in maisonette/bordingpesantren of itself, good [of] Sorogan, weton, bandungan. system of Khalaf inMaisonette/bording of Pesantren Annuqayah in its growth, there is three appliedsystem in Maisonette/bording of Pesantren that is System of Klasikal, coursesssystem, practice and education. AbstrakPesantren sebagai lembaga pendidikan mampu menyemaikanpengetahuan manusia Indonesia, secara mendalam. Tradisi keilmuanpesantren dengan sejumlah perangkatnya, memberikan nuansa berbedadengan tradisi di luar pesantren. Tradisi keilmuan yang kuat dalampesantren memberikan bekal pada santri kelak setelah dinyatakan lulus (mampu) menguasai kitab Kuning (Klasik), kemudian mendapat ijazahdari seorang kiai. Tradisi akademik santri di pesantren, merupakan satubentuk proses pembelajaran yang tuntas, yang dapat menampilkan satusosok lulusan pesantren yang berwawasan luas, berkepribadian matang, dan berkemampuan tinggi dalam melakukan rekayasa social. Pengajarankitab-kitab kuning tersebut oleh santri kiai dilakukan berbentuk sorogan, bandungan atau weton, halaqah dan kelas musyawarah. Sedangkan sistempendidikan di PP Annuqayah yaitu sistem shalaf (tradisional) dan khalaf (Modern, klasikal). System shalaf ini dalam pondok pesantren diAnnuqayah digunakan dalam pondok pesantren itu sendiri, baik Sorogan, weton, bandungan. Sistem khalaf dalam Pondok Pesantren Annuqayahdalam perkembangannya, ada tiga sistem yang diterapkan di PondokPesantren yaitu Sistem Klasikal, sistem kursus-kursus, pendidikan danlatihan.