Yang menjadi masalah pokok dalam penelitian ini adalah bagaimana manajemen peserta didik yang diupayakan oleh Madrasah Aliyah Negeri III Sleman guna meningkatkan kecerdasan spiritual peserta didiknya. Sesuai dengan permasalahan tersebut, maka penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan upaya peningkatan kualitas kecerdasan spiritual siswa melalui manajemen siswa di Madrasah Aliyah Negeri III Sleman. Metode penelitian menggunakan metode deskriptif melalui pendekatan penelitian kualitatif. Hasil dari penelitian adalah sebagai berikut (1) perencanaan manajemen siswa dan kecerdasan spiritual di Madrasah Aliyah Negeri III Sleman;(2) penempatan manajemen siswa di Madrasah Aliyah Negeri III Sleman untuk mewujudkan kecerdasan spiritual (3) kegiatan pengembangan dalam mewujudkan kecerdasan spiritual.