У статті розглядаються методичні засади оптимізації економічної структури регіонів у системі забезпечення соціально-економічної безпеки. Зокрема, систематизовано інструменти стимулювання інноваційної активності суб’єктів господарювання депресивного регіону, як передумови формування структурної політики постіндустріального типу, що передбачають систему фінансово-економічних та інституційних інструментів та забезпечують єдність структурної та інноваційної регіональної політики.