L'antibiothérapie est indiquée dans le traitement d'une parodontite quand celle-ci ne répond que peu ou pas à la thérapeutique mécanique habituelle. Le choix d'un antibiotique destiné au traitement d'une parodontite est délicat, en raison de la complexité de la flore en cause. En l'absence d'une analyse bactériologique de la flore pathogène, le clinicien prescrira un traitement antibiotique de façon empirique. La recherche de bactéries pathogènes spécifiques responsables des destructions parodontales et de la perte d'ancrage des dents est particulièrement difficile. La plupart des bactéries directement impliquées dans ces pathologies sont difficiles à cultiver et à maintenir en vie lors des repiquages successifs. Les principaux micro-organismes incriminés dans les pathologie parodontales sont des bacilles à Gram négatif anaérobies strictes et/ou capnophiles. Cette flore bactérienne associée aux parodontites, peut fortement varier d'un patient à l'autre et d'un site à l'autre chez un même sujet. Campylobacter rectus est une bactérie microaérophile à Gram négatif qui est isolé à partir de la flore de plusieurs formes de parodontites de l'adulte. Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Fusobacterium nucleatum et Peptostreptococcus micros sont des bactéries anaérobies strictes impliquées dans les formes évolutives de parodontite.