En este artículo se presenta un diagnóstico de la gestión de la higiene basado en el cumplimiento de los prerrequisitos de un sistema HACCP, en 53 empresas del sector agroalimentario que operan en el departamento del Huila en Colombia. La metodología de evaluación correspondió a la verificación del cumplimiento de las listas de chequeo de dos instrumentos: GHYCAL (Gestión de la Higiene y Calidad) y S&Q (Safety and Quality on Food). Los resultados permitieron encontrar niveles de gestión de la higiene en una escala porcentual y clasificar 34 empresas en nivel de cumplimiento bajo, que incluye niveles entre el 0% y el 75%; 12 empresas en nivel de cumplimiento básico, al obtener valoraciones entre el 75% y el 95%, y 7 empresas con nivel de cumplimiento superior, por resultar con evaluaciones superiores al 95%; adicionalmente se valoraron similitudes y diferencias entre empresas y entre sectores estudiados, haciendo uso de técnicas de estadística multivariada.