Este artigo apresenta a experiência de implantação da metodologia de custos baseada em atividades (ABC) do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, por meio de um estudo de caso, num período de cinco anos. As características dos hospitais universitários de alta tecnologia, tais como atividades docente-assistenciais e serviços básicos de saúde, fazem com que seus custos sejam mais elevados do que os de hospitais não universitários. Na sua trajetória institucional, o HCFMRP-USP não possuía uma metodologia consistente de mensuração e avaliação dos custos de sua atividade assistencial. No entanto, dificuldades de financiamento de suas atividades, associadas a uma completa reestruturação em seu modelo de atendimento vinculado ao Sistema Único de Saúde, impulsionaram a adoção do mapeamento de custos por atividades, para demonstrar, de forma adequada, como pode ser mensurado o impacto do ensino nos custos assistenciais, visto que a agenda democrática nacional tem reivindicado transparência, accountability e, fundamentalmente, eficiência na gestão dos recursos públicos