Era globalisasi menuntut lembaga pendidikan adaptif, kreatif dan inovatif, termasuk pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam warisan budaya bangsa. Program inovatif salah satunya adalah pengembangan kapasitas (capacity building) sebagai serangkaian strategi yang ditujukan untuk meningkatkan efisiensi, efektifitas, dan responsifitas dari kinerja. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi capacity building pada organisasi pesantren. Metode yang digunakan oleh penelitian ini adalah kualitatif dengan pendekatan analisis deskriptif. Penelitian dilakukan di Pesantren Perbatasan Aceh Tenggara sebagai salah satu pesantren binaan Dinas Pendidikan Dayah Provinsi Aceh. Hasil penelitian menunjukan untuk capacity building memusatkan perhatian kepada 3 dimensi yaitu (1) pengembangan sumber daya manusia;(2) penguatan organisasi, dan (3) reformasi kelembagaan. Prinsip capacity building Dayah Perbatasan Darul Amin mengandung unsur partisipasi, pengulangan, relevansi, pengalihan, dan umpan balik. Dalam proses capacity building terdiri dari empat tahapan yaitu tahap (1) pra-formal (organisasi pendidikan rintisan);(2) tahap formal (organisasi pendidikan potensi);(3) tahap transisional (organisasi pendidikan standar nasional); dan (4) tahap otonom (organisasi pendidikan standar internasional). Menuju kepada eksistensi kelembagaan Darul Amin juga melakukan berbagai upaya dalam berbagai tingkatan yaitu tingkatan sistem, tingkatan organisasi dan tingkatan individual. Kata Kunci: Capacity Building, Organisasi, Dayah, Pesantren.