Para gerar maior fidedignidade e uma melhor accoutability, o Decreto nº 3.591 de 2000 obrigou a instituição de unidade de auditoria interna na estrutura organizacional das entidades públicas. Este artigo objetiva caracterizar o perfil das auditorias internas das universidades públicas federais do Brasil e com isto contribuir com material empírico sobre as características apontadas na literatura, haja vista a insipiência de pesquisas abordando a temática. Para tanto, realizou-se uma pesquisa survey, com metodologia descritiva e abordagem qualitativa dos dados obtidos de todas as 63 unversidades públicas federais existentes em 2017, por meio do Sistema Eletrônico do Serviço de Informação ao Cidadão (e-SIC). Destas, 62 possuiam, até 2017, unidades de auditoria interna implantadas e funcionando. Os resultados da pesquisa apontaram que: o quadro funcional é composto por 335 servidores, sendo 97, 61% concursados; 94, 33% possuem formação superior. Em 68, 85% das unidades de auditoria possuem até seis servidores e 86, 89% das chefias recebe gratificação por cargo de direção, devido a sua atuação no assessoramento à gestão. Não há qualquer divisão em departamentos em 86, 89% universidades e 47, 54% não possui quantidade suficiente de servidores. Com isto, fornece parâmetros e variáveis a serem adotados em pesquisas futuras, visando uma maior eficiência no funcionamento desta unidade, haja vista que vários normativos estão sendo emitidos fornecendo orientações teóricas e generalitas com esta finalidade, e não contemplando os aspectos específicos e estruturais que interferem no desenvolvimento das atividades.