O trato gastrointestinal concentra o maior número e diversidade de bactérias que colonizam o corpo humano. Esta microbiota pode contribuir em vários processos fisiológicos como a digestão, transporte e absorção de nutrientes, metabolismo, imunomodulação e proteção contra agentes patogênicos. Sabe-se que no estabelecimento da microbiota estão envolvidos vários fatores como o tipo de parto, aleitamento materno, introdução de nutrientes e características genéticas e, o seu desenvolvimento pode ser favorecido pelo uso de probióticos, prébióticos e simbióticos. Desta forma, objetivou-se com este trabalho mostrar a importância da microbiota na maturação do sistema gastrointestinal e na manutenção do sistema imunitário, através de uma revisão bibliográfica em 48 artigos de 1998 a 2013 em bancos de dados como Medline, Scielo e Sciencedirect onde foi possível observar a sua influência nos mecanismos de defesa e papel salutogênico.