JI sl/en AI Slovenijo naj bi na osnovi morfoloških podatkov naseljevali dve vrsti evropskega kaplja, Cottus gobio in C. metae. Za slednjega so znane tri lokalitete, predvideva pa se, da poseljuje areal od izvirnih delov Save do pritoka Kolpe. Tako Kolpo kot reke jadranskega povodja in dravskega porečja pa naj bi poseljeval C. gobio. V raziskavi smo ţeleli ugotoviti, ali se kaplji, ki naseljujejo areal vrste C. metae, na osnovi nukleotidnega zaporedja kontrolne regije mitohondrijske DNA (CR mtDNA) ločijo od vrste C. gobio. Poleg tega smo ţeleli ugotoviti, koliko filogeografskih linij kaplja naseljuje Slovenijo. Vzorčili smo tudi na širšem območju severozahodnega Balkana, ki na splošno velja za vročo točko biodiverzitete. Izkazalo se je, da kaplji C. metae na podlagi CR mtDNA tvorijo lastno filogeografsko linijo. Kaplji C. gobio, ki naseljujejo vodotoke jadranskega povodja in dravskega porečja, skupaj z ostalimi evropskimi pripadniki vrste tvorijo lasten klad. Z veliko verjetnostjo lahko trdimo, da kaplji, ki poseljujejo Kolpo, na molekularni osnovi ne spadajo v vrsto C. gobio. Ti namreč skupaj s haplotipi, ki jih najdemo v reki Uni, tvorijo lastno linijo. Filogenetske raziskave so pokazale, da se evropski kapelj v osnovi deli na dve sestrski skupini, ki po naši razlagi predstavljata dva časovno ločena kolonizacijska vala. Domnevamo, da je kaplju zahodni Balkan sluţil kot odskočna deska kolonizacije Evrope obeh valov.