[HTML][HTML] ToPS: a framework to manipulate probabilistic models of sequence data
AY Kashiwabara, I Bonadio, V Onuchic… - PLoS computational …, 2013 - journals.plos.org
Discrete Markovian models can be used to characterize patterns in sequences of values and
have many applications in biological sequence analysis, including gene prediction, CpG …
have many applications in biological sequence analysis, including gene prediction, CpG …
Assessment of optimized Markov models in protein fold classification
C Lampros, T Simos, TP Exarchos… - … of bioinformatics and …, 2014 - World Scientific
Protein fold classification is a challenging task strongly associated with the determination of
proteins' structure. In this work, we tested an optimization strategy on a Markov chain and a …
proteins' structure. In this work, we tested an optimization strategy on a Markov chain and a …
MYOP/ToPS/SGEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes
AY Kashiwabara - 2011 - teses.usp.br
O desafio de encontrar corretamente genes eucarioticos codificadores de proteinas nas
sequencias genomicas e um problema em aberto. Neste trabalho, implementamos uma …
sequencias genomicas e um problema em aberto. Neste trabalho, implementamos uma …
HMMs in protein fold classification
The limitation of most HMMs is their inherent high dimensionality. Therefore we developed
several variations of low complexity models that can be applied even to protein families with …
several variations of low complexity models that can be applied even to protein families with …
[PDF][PDF] Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA
RM Ferreira - 2015 - teses.usp.br
RNA é um polímero formado por quatro tipos de ácidos nucleicos denotados por A, C, G e U
que representam Adenina, Citosina, Guanina e Uracila respectivamente. Os nucleotídeos …
que representam Adenina, Citosina, Guanina e Uracila respectivamente. Os nucleotídeos …
[PDF][PDF] Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterização de RNAs não-codificadores
AR Paschoal - 2012 - pdfs.semanticscholar.org
RESUMO A visão clássica do dogma central da biologia molecular vigente até o final do
século XX passou por mudanças drásticas de paradigma na virada deste século. Muito se …
século XX passou por mudanças drásticas de paradigma na virada deste século. Muito se …