[PDF][PDF] Sequence–structure alignment techniques for RNA: a comprehensive survey

S Lalwani, R Kumar, N Gupta - Adv Life Sci, 2014 - researchgate.net
RNA is a fundamental building block for all living cells and has a variety of different
functions. It plays numerous distinct and imperative roles in molecular biology ie to localize …

A novel two-level particle swarm optimization approach to train the transformational grammar based hidden Markov models for performing structural alignment of …

S Lalwani, R Kumar, N Gupta - Swarm and Evolutionary Computation, 2015 - Elsevier
A two-level particle swarm optimization (TL-PSO) algorithm is proposed for training
stochastic context-sensitive hidden Markov model (cs-HMM), that addresses a thrust area of …

New alphabet-dependent morphological transition in random RNA alignment

OV Valba, MV Tamm, SK Nechaev - Physical Review Letters, 2012 - APS
We study the fraction f of nucleotides involved in the formation of a cactuslike secondary
structure of random heteropolymer RNA-like molecules. In the low-temperature limit, we …

Dynamic cavity method and problems on graphs

AY Lokhov - 2014 - theses.hal.science
A large number of optimization, inverse, combinatorial and out-of-equilibrium problems,
arising in the statistical physics of complex systems, allow for a convenient representation in …

Phase transition in random planar diagrams and RNA-type matching

AY Lokhov, OV Valba, MV Tamm, SK Nechaev - Physical Review E—Statistical …, 2013 - APS
We study the planar matching problem, defined by a symmetric random matrix with
independent identically distributed entries, taking values zero and one. We show that the …

Взаимодействие молекул РНК: энергия связывания и статистические свойства случайных последовательностей

ОВ Вальба, СК Нечаев, МВ Тамм - Химическая физика, 2012 - elibrary.ru
В работе определяется свободная энергия связывания двух молекул РНК и
обсуждаются такие статистические свойства, как флуктуации средней энергии …

Сравнение молекул РНК: энергия связывания и статистические свойства случайных последовательностей

ОВ Вальба, СК Нечаев, МВ Тамм - Журнал экспериментальной и …, 2012 - elibrary.ru
Предлагается новый статистический подход для решения задачи сравнения
(«выравнивания») двух последовательностей РНК. Данная проблема рассматривается …

Alignment of RNA molecules: Binding energy and statistical properties of random sequences

OV Valba, SK Nechaev, MV Tamm - Journal of Experimental and …, 2012 - Springer
A new statistical approach to the problem of pairwise alignment of RNA sequences is
proposed. The problem is analyzed for a pair of interacting polymers forming an RNA-like …

[PDF][PDF] Хімія з основами біогеохімії

ЛВ Войтенко - 2019 - researchgate.net
Рецензенти: доктор хімічних наук, професор кафедри неорганічної хімії Київського
національного університету імені Тараса Шевченка Нагорний ПГ; доктор хімічних наук …

[PDF][PDF] Andrey Y. Lokhov Dynamic cavity method and problems on graphs

S Majumdar, M Mézard, D Saad, G Semerjian… - 2014 - theses.fr
A large number of optimization, inverse, combinatorial and out-of-equilibrium problems,
arising in the statistical physics of complex systems, allow for a convenient representation in …